PET-CT在指导活检穿刺方面低于单纯用CT指导经皮活检的假阴性，PET可以显示肿瘤代谢活跃的部位，特别是对肺部许多病灶的患者，指导活检位于肺部肿瘤的高活性区域，活检穿刺时避免样品从坏死中心、纤维组织或邻近组织采集，降低假阴性结果。另外，关于是否伴随淋巴结转移，CT主要通过大小来判断，往往不正确，多数情况下需要用病理学活检证实，通过PET-CT引导下活检确诊率显着提高。
　　CT指导的三维适形放疗和强调适形放疗已经应用于临床，其主要目的是提高肿瘤的局部照射量，同时保护周围的正常组织和邻近的重要器官。但是，CT只是在解剖学上显示出可视异常肿块，肿瘤病灶周围伴有炎症变化时，很难确定其边界，对小转移淋巴结很难定性，PET-CT功能显像可以明确显示肿瘤活性区域——生物靶区域。

　　原发灶不明转移性肿瘤的临床屡见不鲜，约占所有癌症患者的10%。无法发现原发灶的原因可能是：原发肿瘤被免疫因子或血管机制破坏了；特异性基因发生变化，只促进转移，不促进局部原发灶的生长，因此无法形成临床上可以发现的原发灶；原发肿瘤自动消退；由于检查仪器和检查手段的限制，很难找到小的原发灶；医生临床经验不足导致漏诊；部分患者未发现原发灶就死于其他疾病。
　　因此，明确了原发灶是预测恶性肿瘤恶性行为和制定适当治疗方案的基础。PET-CT反映了病变的生化、代谢方面的变化，在疾病的发生发展过程中，生化、代谢异常早于其形态结构的变化，因此PET-CT图像在肿瘤的功能、代谢变化等检查中具有独特的作用，对寻找转移性肿瘤原发灶具有非常重要的价值。